Nem számít, milyen híres Carracci hozta a pogány festményeit a Palazzo Farnese-ből, de a legtöbb munkát ennek ellenére a hagyományos vallási témákról írta. 1584 és 1595 között számos nagy oltárképet készített, amelyek a készség fokozatos növekedését mutatták be. 1595 után a művész viszonylag kevés vallásos képet festett.
Mivel a Farnese Galéria festett, csak kis munkákra talált időt. Ennek az időszaknak az egyik remekműve a “Három Mária a sírban” festmény volt. Később ezt a “páratlan”, a mester egyik életrajzírója szerint, a képet I. Károly angol király szerezte meg.
Ezenkívül számos triptics tartozik a római korszakba, ideértve egy olyan kifejező alkotást is, mint a Keresztről származás. Életének végén Carracci ismét kompozíciókat kezdett alkotni nagy oltárképekhez, ám a tanulóknak írták őket.