Az évek más, vallásos témájú festményeihez hasonlóan a Szent Ferenc stigmatizálását egy magánszemély számára készítették. Domenico a bal alsó sarokban írta alá a munkát. Valószínűleg közvetlenül a művész Rómába érkezése után hozták létre. El Greco ikonfestés technikával festette fel, alaposan kidolgozva a részleteket, emiatt zománcszerű megjelenést kapott.
A festmény Assisi Szent Ferenc életének legszembetűnőbb pillanatát ábrázolja, amelyet a szent hivatalos életrajzában, a Szent Bonaventéria úgynevezett “nagy legendája” ír le.
A hat tüzes szárnyal rendelkező szeráf leereszkedett az égből, és Verna csúcsát csillogó fénnyel világította meg, megvilágította a hegyeket és a völgyeket. A látás eltűnése után stigmata jelent meg Francis testén – a karját és a lábát körmökkel átszúrották, fekete, mintha vasból készültek volna, nagy kerek kalapokkal, mellkasának bal oldalán mély vérző seb, mintha lándzsa lenne. További két évvel a halála előtt a szent stigmát viselt a testén, elrejtve őket a kíváncsiságú szemektől.