Az egyik leghíresebb alkotása, El Greco későbbi, a Szentlélek leszármazása című festménye. Alulról felfelé bontakozik ki a dinamikus kompozíció, ami El Greco művének késői szakaszára jellemző.
Különös figyelmet érdemel a késő El Greco-ra jellemző rángatózó mozgás, mintha egy elektromos áram elmulasztott töltése lenne; a kép felépítése a mozgás és a merevség, a zsibbadás és a lelkiség, a végtelenség és az elszigeteltség összehasonlításán alapul. A külsőleg látványos képet ugyanúgy festették, mintha hideg szívvel festették volna, és ez nem ad erős benyomást.
El Greco nem tér el a Szentlélek leszármazásának evangéliumi történetének hagyományos ábrázolásától. A Szent Szellemet hagyományosan galambként is ábrázolják. A kompozíció központi helyét Mária foglalja el, tiszteletteljesen felfelé emelve a szemét, Krisztus többi tanítványa körül. Egy szűk, sötét szobában, szoros körbe ölelve, szomorúságban és üldöztetésben, hűek maradtak az Úr parancsának, hogy “ne hagyja el Jeruzsálemet”, ahol a legnagyobb kockázatot jelentették azoktól, akik megfeszítették Mesterüket. De a legnagyobb csoda történt – a Szentlélek hatalma mindegyikükön nyugszik, tüzes nyelvek formájában.
Tegyük fel, hogy a jobb oldalon lévő második apostol El Greco önarcképe. Ugyanez a személy jelenik meg a háttérben a “Szűz Betrothal” festményben, amely valószínűleg a mester utolsó munkája.
Feltételezik azt is, hogy a “Szentlélek leszármazása” festményt egy másik művész módosította, talán Jorge Manuel, El Greco fia.