A Botticelli elsősorban Firenzében kapott megrendeléseket. Az egyik legfigyelemreméltóbb festménye, a “Saint Sebastian” a Santa Maria Maggiore város legrégebbi temploma számára készült. 1474. január 20-án, a Szent Sebastian Maggiore ünnepének alkalmával, a festményt ünnepélyesen a Santa Maria templom egyik oszlopára helyezték. Ez a művész első dokumentált vallási alkotása, mostantól szilárdan beépítve a firenzei művészeti panorámába.
A festmény a 3. század mártírját ábrázolja. n. e. Sevastianus, egy nemesi család praetoriáinak parancsnoka, aki hitt Krisztusban. Diocletianus császár halálra ítélte őt. A fiatalember egy oszlopban volt a poszthoz kötve, és a legionáriusok egy darabja ezer nyilat lőtt rá. Sevastyanot meghalni hagyták. Az egyik kivégzett keresztény anyja kijött belőle, és sürgette, hogy menjen el Rómából.
De Sevastyan nyíltan kijelentette a hitét – a császári palota lépésein az elítélt keresztények védelmében szólalt meg. Diocletianus ismét elrendelte Sebastian kivégzését. A hitben lévő testvérek megtalálták a testét és a katakombákba temették el, Szent Péter és Szent Pál sírok mellett.
Sebastianot a katolikus egyház szentelte. A V században templomot építettek a sírjára. A múltban Szent Sebastianot pestisben szenvedő betegek hívták meg, ő katonák, íjászok, fazekasok védőszentje.
Általában ezt a szentöt egy oszlophoz kötött és nyilakkal áttört fiatalemberként ábrázolták. A Botticelli kezelésében megkönnyíti a Szent alakját, gyönyörű teste arányai meghosszabbodnak. Sebastian alakja, pózja és még a fa törzse is, amelyhez rögzítve van, szinte pontosan megismétli Pollaiolo képét; de a Pollayolo környékén Sebastian katonákkal körülvéve lövöldöznek – és szenved: a lábai remegnek, a háta konvulánsan ívelt, arca fel van emelve az ég felé.
A Botticelli hős alakja teljesen közömbösen fejezi ki környezetét, s még a háta mögött tartott kezének helyzetét inkább a mély gondolatot kifejező gesztusnak tekintik; ugyanaz a reflexió íródott az arcán, kissé emelt szemöldökkel, mintha gyászos meglepetés lenne. A művész nem kinyilatkoztatja a nyilakkal átszúrt hősöt, hanem mintha bosszant az elrontott szépség felett.