A berlini Állami Múzeumban tárolt “Ludwig Levenstein portréját” a művész egyik legjobb portrékának tekintik. A reneszánsz racionalizmust, amelyet Baldung portrékén különösen hangsúlyoztak, munkájában gyakran kombinálnak miszticizmussal, általánosított plasztikával, törött ritmussal. Baldung festményein észrevehető a naturalista felső német iskola befolyása, ám gazdag kreatív képzelet jelenik meg a telek és az elrendezés megválasztásában.
Munkáinak legkiemelkedőbb képei a Lichtental-kolostor festményei, melyeket ő készített 1495-1496-ban, és a Freiburgi székesegyház főoltára, 1516-ban elkészült; az oltár középső részén a “Szűz Mária esküvője” látható; oldalán a legjobb művének tekinthető Egyiptomi repülés csodálatosan halad. Régóta Baldungot jóváhagyták az Isengheim-oltár szerzőjével, amelyet jelenleg a Colmar Museum Unterlinden-ben tárolnak. Az oltár valódi írója Matthias Grunewald.